Regentparrets sidste besøg ved årets sommertogt i Vestjylland blev Thyborøn. Kongeskibet Dannebrog stævnede ind klokken 10.00, onsdag 6. september 2006, hvor stiftamtmand Torben Sørensen tog imod regentparret og udråbte et nifoldigt leve for dronning Margrethe og prinsgemal Henrik. Thyborøn-Harboøre FDF orkester spillede Kongesangen.
Hoffet meddelte, at prins Henrik kun deltog ved modtagelsen på kajen og frokosten i Kystcentret, det øvrige program måtte han trække sig fra, da prinsen skulle holde sin fod i ro. Dronning Margrethe overtog prinsens program og gennemførte det hele, så intet blev aflyst.

Thyborøn-Harboøre Kommunes borgmester Erik Flyvholm forestod i rådssalen på Thyborøn Rådhus den officielle modtagelse af dronning Margrethe og overrakte hende byens gave.
Rådhuset i Thyborøn var tegnet af arkitekt Flemming Bay-Jørgensen fra Ringkøbing og opført 1980.

Eftermiddagens program, efter frokosten i Kystcentret, besøgte dronning Margrethe "Thyborøn Ældrecenter Hav Fjord". Dronningen blev modtaget af formanden for Social- og Kulturudvalget, Frank Rud Jensen og centerleder Esther Hillersborg.
På Cheminova A/S forestod administrerende direktør Bjørn Albinus og bestyrelsesformand direktør Mogens Nehen Hansen modtagelsen, orienterede, og rundviste dronningen på virksomheden.
Dagens sidste program blev afviklet på Thyborøn Havn, en erhvervsudstilling. På havnen blev dronningen modtaget af direktør Kasper Byskov, Thyborøn Skibsradio A/S, og direktør Peter Toft, Kynde og Toft Smede- og Maskinværksted. Udstillingen på havneområdet var små arbejdende værksteder og blev kaldt "Thyborøn - Virksomheder med tradition - styrke - omhu". På Thyborøn Fiskeauktionscenter overværede dronningen en auktion på internettet, modtagelsen forestod havnedirektør Jørgen Buhl og auktionsmester, direktør Sten Rønn Steen, Thyborøn Fiskeauktion A/S.
Redningsvæsenet demonstrerede en redningsaktion "når ulykken sker", som blev set fra fiskeauktionscentret.